BioCyc 데이터베이스 그리고 Cyclone 패키지 시스템

BioCyc (http://www.biocyc.org/) 는 Pathway/Genome 데이터베이스 웹사이트이다. 현재 377가지 Pathway/Genome 데이터베이스를 관리, 제공하고 있다.
Metabolic Pathway 데이터베이스에 더 관심이 많다면 링크를 따라 http://metacyc.org/ 로 연결된다.

데이터베이스 웹사이트들의 약점이라면 자체적인 검색, 분석 서비스가 상대적으로 취약하다는 점이겠다. 단순한 검색 이상을 원하는 연구자들에게는 BioCyc 데이터베이스를 좀 더 효율적으로 활용할 수 있는 툴이나 도구가 필요하다.

그런 점에서 Cyclone 패키지 시스템은 좀 더 전문적인 활용을 원하는 연구자들에게 도움을 줄 수 있을 것이다. http://nemo-cyclone.sourceforge.net/index.php

다만, Cyclone은 기본적으로 자바 (Java) API 이기 때문에 자바 시스템에 대한 지식이 필요하며, Eclipse IDE 패키지에 대한 중급이상의 지식도 필요하다. 물론 상당 수준의 데이터베이스 쿼리에 대한 지식도 필요하다. 검색과 분석의 결과가 네트워크로 표현되는 경우가 많기 때문에, Cytoscape (싸이토스케이프) 패키지에 대한 지식이 있다면 플러스 된다.

따라서 Cyclone 시스템에 도전할 가치가 있다는 생각이 든다면 비장한 (?) 마음가짐이 필요할 지 싶다...