싸이토스케이프 (Cytoscape) - 간단 소개

바이오인포매틱스 (Bioinformatics, 생물정보학) 분야에서 최근 가장 강세를 보이는 영역이 있다면 시스템스 바이올러지 (Systems Biology) 연관 영역일 것이다. 네트워크 바이올러지 (Network Biology) 라고도 하고 모듈라 바이올러지 (Modular Biology) 라고도 하는 데, 우리말로 정확하게 번역을 하기에는 아직도 어려운 것 같다.

유기체의 특성을 네트워크와 모듈로 표현하고자 한다면 수학식과 알고리즘만으로는 충분하지 못할 때가 많다. 특히 네트워크에 대한 이해를 돕고자 한다면 그럴 듯한 그림 한장이 도움이 되는 게 사실이다.

그런 점에서 싸이토스케이프 (Cytoscape)는 가장 추천할 만한 소프트웨어이다. 무료라는 것보다도 다양한 확장성과 편의성이 장점이다. 단점이라고 한다면 정확하게 가공 편집된 컨텐츠가 같이 공급되는 상용 소프트웨어에 비하면 초라하다는 것이겠다. 하지만 다양한 플러그 인과 웹 서비시스를 사용하면 어느 정도 보완이 가능하다.

자바로 구현되어있으며, 그래픽 알고리즘 구동에 부하가 꽤 걸리기 때문에 1GB 이상의 메모리를 추천한다. 물론 아직 한글 매뉴얼은 없는 것으로 보인다.

현재 2.6.0 버젼까지 나와있는 싸이토스케이프는 아래에서 다운로드 받을 수 있다.
http://www.cytoscape.org/