언제나 그 자리에..

커넥티비티 맵 (Connectivity Map) 빌드 02가 공개되었다.
이번 업데이트된 데이터베이스는 1309종의 화합물을 이용해서 생성된 7000개 이상의 유전자 발현 프로파일을 포함하고 있다.


2006년 처음 공개된 1세대 커넥티비티 맵에 비교하면 데이터의 크기가 거의 10배 확장되었다.

분석 시스템에 적용된 알고리즘은 여전히 1세대와 같다.
유전자 발현 프로파일이 여전히 애피 칩 U133A라는 것이 아쉽다. 다른 칩으로 생성된 발현 프로파일을 시도하고자 한다면 U133A의 프로브 ID (probe identifier) 로 변환하는 과정이 필요하다.
 
로컬 서버에서 구동되는 분석 시스템을 구축하고 싶은 분들은 7000개 이상으로 구성된 유전자 발현 데이터 파일과 매트릭스 파일을 다운로드 받을 수 있다.
물론 분석용 알고리즘을 포함한 분석 시스템 소스파일은 제공하지 않기때문에 그 부분은 개인적으로 해결해야한다. 기본적인 알고리즘은 이미 공개되어있기 때문에 코딩이 그리 어렵지 않으리라고 본다. 웹 애플리케이션만으로도 충분히 시도가 가능하므로 굳이 로컬 시스템 구축은 필요없을 듯..

암튼, 1세대 데이터베이스가 맛보기였다면 이제 2세대 커넥티비티 맵은 화합물 대 유전자 발현 프로파일의 레퍼런스로서의 위력이 제대로 발휘될 것으로 보인다.
 
웹 주소는 1세대와 같다.
http://www.broad.mit.edu/cmap/

정신이없어서 그런지 실감이 나지않는다.
한국을 떠나 타국으로 간다는 게...