언제나 그 자리에..

갈 수 록 ...

어려운것 같다. 우리 말로 용어를 바꾼다는 것이..
번역은 할 수 있어도 그 어감까지 살린 다는 것은..

하지만..

발음대로 쓰는 것은 써 놓고 보면 너무 어색하고...
싸이토스케이프... 커넥티비티 맵...

물론 넷스케이프도 처음엔 어색했겠지만... ^^

바이오인포매틱스 (Bioinformatics, 생물정보학) 분야에서 최근 가장 강세를 보이는 영역이 있다면 시스템스 바이올러지 (Systems Biology) 연관 영역일 것이다. 네트워크 바이올러지 (Network Biology) 라고도 하고 모듈라 바이올러지 (Modular Biology) 라고도 하는 데, 우리말로 정확하게 번역을 하기에는 아직도 어려운 것 같다.

유기체의 특성을 네트워크와 모듈로 표현하고자 한다면 수학식과 알고리즘만으로는 충분하지 못할 때가 많다. 특히 네트워크에 대한 이해를 돕고자 한다면 그럴 듯한 그림 한장이 도움이 되는 게 사실이다.


그런 점에서 싸이토스케이프 (Cytoscape)는 가장 추천할 만한 소프트웨어이다. 무료라는 것보다도 다양한 확장성과 편의성이 장점이다. 단점이라고 한다면 정확하게 가공 편집된 컨텐츠가 같이 공급되는 상용 소프트웨어에 비하면 초라하다는 것이겠다. 하지만 다양한 플러그 인과 웹 서비시스를 사용하면 어느 정도 보완이 가능하다.

자바로 구현되어있으며, 그래픽 알고리즘 구동에 부하가 꽤 걸리기 때문에 1GB 이상의 메모리를 추천한다. 물론 아직 한글 매뉴얼은 없는 것으로 보인다.


현재 2.6.0 버젼까지 나와있는 싸이토스케이프는 아래에서 다운로드 받을 수 있다.
http://www.cytoscape.org/

커넥티비티 맵 (Connectivity Map) 빌드 02가 공개되었다.
이번 업데이트된 데이터베이스는 1309종의 화합물을 이용해서 생성된 7000개 이상의 유전자 발현 프로파일을 포함하고 있다.


2006년 처음 공개된 1세대 커넥티비티 맵에 비교하면 데이터의 크기가 거의 10배 확장되었다.

분석 시스템에 적용된 알고리즘은 여전히 1세대와 같다.
유전자 발현 프로파일이 여전히 애피 칩 U133A라는 것이 아쉽다. 다른 칩으로 생성된 발현 프로파일을 시도하고자 한다면 U133A의 프로브 ID (probe identifier) 로 변환하는 과정이 필요하다.
 
로컬 서버에서 구동되는 분석 시스템을 구축하고 싶은 분들은 7000개 이상으로 구성된 유전자 발현 데이터 파일과 매트릭스 파일을 다운로드 받을 수 있다.
물론 분석용 알고리즘을 포함한 분석 시스템 소스파일은 제공하지 않기때문에 그 부분은 개인적으로 해결해야한다. 기본적인 알고리즘은 이미 공개되어있기 때문에 코딩이 그리 어렵지 않으리라고 본다. 웹 애플리케이션만으로도 충분히 시도가 가능하므로 굳이 로컬 시스템 구축은 필요없을 듯..

암튼, 1세대 데이터베이스가 맛보기였다면 이제 2세대 커넥티비티 맵은 화합물 대 유전자 발현 프로파일의 레퍼런스로서의 위력이 제대로 발휘될 것으로 보인다.
 
웹 주소는 1세대와 같다.
http://www.broad.mit.edu/cmap/

정신이없어서 그런지 실감이 나지않는다.
한국을 떠나 타국으로 간다는 게...